《光影穿梭3：起源》玩法类似于《孢子》，就是不断的去寻找可以“吃”的微生物来喂饱自己，当你得到的能量越多，这只生物就会不断进化，越来越长，越来越巨大，初期看起来像一条半透明的蜈蚣，慢慢的就进化成海洋巨型贪吃蛇，样貌相当有震慑力。海洋里有时候也会出现危险，那些比你大的生物会进攻并伤害你，如果打不过请及时躲开。

　　用虚拟摇杆操控这条贪吃蛇游动，头部前方有彩色的圆弧会自动探测微生物所在的地方，大海茫茫，跟着探测弧前进就可以了。游戏里也会出现不同的任务，按照任务去吞吃足够数量的微生物，或者去捕食比自己小的生物等等。当吃掉一定数量的红、蓝、绿三种生物后，游戏的后续关卡会相继解锁，供玩家继续闯关。玩家可以一边游荡一边观察小地图，小地图上那些绿色的泡泡是海洋漩涡，在漩涡里用双指放大/缩小手势可以游到浅海/深海，不同层次的海洋会有什么样的东西出现呢?这些就要等玩家自己去发现了。

　　游戏的节奏很慢很慢，玩家的进化过程也需要比较有耐心，不过有趣的是每进化一次，玩家可以通过设定基因组合来决定生物下一阶段的样子和属性，比如红色基因组成攻击性高的生物，绿蓝色组成游动慢但是防御高的生物，三色结合就会进化为游动速度很快的生物等等，总之不同的选择都会影响生物的生长，最后你的生物长成什么样子，全由你自己控制。