魔卡战纪中的副本分为普通副本、精英副本和活动副本。通过副本界面上方的标签页可以切换不同类型的副本。挑战副本需要有扣除一定的体力。

　　普通副本

　　普通副本共有20个大关卡，每个大关卡由4-8个小关卡构成。通关每个关卡方可解锁后续关卡。通关每一个大关卡后，解锁相应的精英副本。普通副本中玩家通过打败敌人随机获得敌人的卡牌、卡牌进化道具或金币。

　　精英副本

　　精英副本同普通副本相同，共有20个大关卡。每个大关卡由4个小关卡构成。玩家每日可挑战的精英副本限于每关2次。精英副本中的敌人战斗力远远高于普通副本，玩家需要有较高的实力才能挑战精英副本。

　　精英副本中玩家通过打败敌人随机获得敌人的卡牌、卡牌进化道具或金币。精英副本中玩家获得高级卡牌的几率较高，得到的卡牌进化道具也与普通副本中的不同。

　　活动副本

　　活动副本共有3种类型。包括元气蛋、宝箱怪和英雄试炼。每类关卡分为高阶、中阶、低阶三种难度。

　　每类关卡开启一段时间后会关闭，经过一定的时间后会再次开启。每次开启时元气蛋、宝箱怪的活动副本限于每个级别4次，英雄试炼副本不限次数。

　　元气蛋副本中，敌人为不同等级的元气蛋。玩家进行游戏会一定几率得到被击败的元气蛋，元气蛋在被英雄吞噬时能够提供大量的经验。

　　宝箱怪副本中，敌人为不同等级的宝箱怪。玩家进行游戏会一定几率得到被击败的宝箱怪，宝箱怪在出售时能够换取大量的金钱。