《末日孤舰》游戏采用独特的指尖点控操作，玩家扮演的是一名海军舰长，率领自己的舰队与敌人战斗。

　　游戏中玩家的舰队包括主舰和附舰两艘战舰，整个游戏流程中玩家无需控制战舰移动。对于主舰来说，玩家点击屏幕上任何位置即可发射炮弹进行攻击。在这里玩家需要预判敌人的移动，朝敌人前进方向发射炮弹，这样就有很大机会击中敌人。对于附舰来说，玩家可以使用它的辅助技能，不同的附舰具有的技能不同，比如炮艇就是连续发射多枚炮弹，航母则是召唤一架战斗机为你作战。同时游戏中还有三种额外的技能，分别是急速冷却、电磁脉冲和时间缓流。它们都是非常强大的技能，可以迅速扭转战局。游戏中存在剧情模式和无尽模式两种，剧情模式中玩家将扮演在生化战争中幸存的一艘战舰的舰长，寻找拯救幸存者的方法。而无尽模式中，玩家将不断的面对一波又一波的敌人，最后根据消灭的敌人来获得相应的资源和分数奖励。

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