游戏的主场景为一幅世界地图，由亚洲、大洋洲、非洲、欧洲和美洲的各大主要国家和地区组成。其中，不同的国家和地区还有贫富差距、交通情况及地理条件之分，这会影响到病原体在游戏世界的传染情况。游戏中每一个国家和地区都有固定的健康人口数量，并拥有各自运作的政府部门把持所在国与地的公共环境卫生。而当病原体开始作为瘟疫被发现且传播开来时，世界政府会不惜一切手段阻断病原体的蔓延，其中便包括拨款研发治疗病原体的解药(Cure)。同时，在游玩的过程中还会随机发生影响游戏的新闻事件(News)增具挑战难度。

　　初始设定下游戏只提供一个基本病原体细菌，游玩模式分别拥有简单(Casual)、普通(Normal)、困难(Brutal)三种基础类型。在1.8版更新后，游戏还追加了最难(Mega Brutal)难度，并允许玩家在选择难度前使用作弊模式(Cheat) 。通常情况下，玩家每成功完成一局游戏即可解锁一个基因序列，在标准难度以上胜利一局病原体的游戏即可解锁下一个基础病原体。当玩家以困难模

　　图解执行界面式完成所有基础病原体后，便可以解锁特殊病原体Neurax 蠕虫。Necroa 病毒需要玩家在前者的基础上完成一局困难难度的 Neurax 蠕虫，且基因序列发现度达到83%以上之后才可以解锁。

　　玩家在选定好病原体开始游玩后，在世界地图上点选一个国家或地区作为传染源之地，然后利用获得的 DNA 点数进化瘟疫。所有的病原体的属性皆由传染(Transmission)、症状(Symptoms)和能力(Abilities)三者构成，其中传染属性主要有动物性传播、空气传播、水源传播、血液传播和昆虫传播，症状属性囊括诸多致命性与非致命性的发病表现，而能力属性则包括抗寒能力、抗热能力、抗药能力和病原体的特殊能力——玩家需要通过 DNA 点数妥善进化三者的属性，从而强化病原体的传染性(Infectivity)、严重性(Severity)和致命性(Lethality)。因此，游戏的通常目标就是使病原体感染至全世界，并在解药成功研制前将所有人类至于死地。

　　图解疾病界面按照经验玩家的归类，游戏主要玩法有所谓猥琐流和激进流两种。猥琐流法强调病原体的初始传染能力和特殊能力，轻视症状的进化，在瘟疫感染至全人类后才强化症状尤其是致命性病状的发病表现;激进流法重视症状的进化，但不升级高致命性的病状，避免因为少数病原体宿主的集体死亡导 致游戏失败。由于不同的病原体有其自身的特性，因此具体的通关玩法需要灵活变通。例如，病原体细菌因为变异率低，在游戏前期不易被发现，所以适合于猥琐流玩法;病毒的变异率高，且退化变异的症状属性需要花费额外的 DNA，所以适合于激进流玩法。

　　游戏中还有供玩家解锁和收集奖杯的成就系统，同时还有与好友竞争的积分排行榜，增强了其趣味性和互动性。另外，新近更新的 1.7 版还增加了极具挑战的剧情模式。该模式除了提供全球变暖、债务危机等模拟情景外，还收录了诸如天花、黑死病、猪流感等现实历史存在过的病毒瘟疫。负责游戏开发的工作室小组承诺将会在今后的版本更新中陆续增加新的剧情内容，以及更多新的玩法。